از اواخر اردیبهشت سال ۱۳۹۱ شایعاتی پیرامون استقلالی شدن جواد نکونام به گوش می‌رسید و این بحث‌ها در حالی مطرح شد که پرویز مظلومی از استقلال رفت و جای خود را به امیر قلعه‌نویی داد. به موازات همین اتفاقات، اردوی تیم ملی برای مرحله دوم پیکارهای انتخابی جام جهانی ۲۰۱۴ نیز آغاز شد و علی فتح‌الله‌زاده همراه با وزیر وقت ورزش و محمد رویانیان جهت ملاقات با ملی‌پوشان به اردوی این تیم در استانبول رفت.
فتح‌الله‌زاده طی مصاحبه‌ای با خبرورزشی از تلاش باشگاه استقلال برای جذب جواد نکونام سخن به میان آورد و گفت: جواد نکونام قزل‌آلای فصل نقل و انتقالات است و من با جذب او، این ماهی ارزشمند را شکار کردم.
در همین رابطه جواد نکونام خودش روز سیزدهم خرداد سال ۹۱ در گفت‌وگوی اختصاصی با خبرورزشی پیرامون پیشنهاد استقلال گفت: صادقانه می‌گویم هیچ پیشنهادی از تیم‌های اروپایی ندارم ولی از قطر و ترکیه برای من پیشنهاد رسیده. از تیم‌های ایرانی هم کسی با من صحبت نکرده به همین خاطر هنوز نمی‌دانم تکلیف فصل آینده چه می‌شود. البته در مورد بحث استقلال فکر می‌کنم اگر استقلال بخواهد من را بگیرد، تورش پاره می‌شود!
نکته این‌که مذاکرات استقلال با جواد نکونام در تابستان سال ۹۱ به نتیجه رسید، او از لیگ دوازدهم پیراهن آبی را بر تن کرد و اتفاقا توانست با این تیم قهرمان ایران هم بشود.
