وینفرد شفر بهار سال ۱۳۹۸ از استقلال اخراج شد و در روزهای پس از برکناری اتفاقاتی برایش رخ داد که فوق‌العاده او را ناراحت و عصبانی کرد طوری که مدعی شد از باشگاه شکایت می‌کند و حتی یک یورو هم تخفیف نخواهد داد.

شفر دوم شهریور سال ۱۳۹۹ هنگامی که در آستانه محکوم کردن استقلال قرار گرفته بود، طی گفت‌وگویی اختصاصی با خبرورزشی به انگیزه‌های خود بابت پیگیری پرونده‌اش اشاره کرد و گفت: رفت و آمد مربیان در تمام دنیا یک امر بدیهی محسوب می‌شود و هیچ مربی برای همیشه در یک تیم ماندگار نخواهد شد. بعد از شکست برابر پدیده در مشهد، مدیریت وقت باشگاه استقلال تصمیم گرفت که به همکاری خود با من پایان بدهد و به عنوان یک مربی حرفه‌ای آن را پذیرفتم ولی متاسفانه جوابم را با بی‌احترامی دادند.

شفر ادامه داد: وقتی می‌خواستم برای خداحافظی با شاگردانم راهی محل تمرین شوم، من را به داخل مجموعه نفت تهرانسر راه ندادند! این حرکت مدیران وقت استقلال نهایت بی‌احترامی بود. آن‌ها کسی را راه ندادند که با این تیم قهرمان جام حذفی شده بود. من اصلا نمی‌خواستم برای استقلال مشکلی ایجاد کنم بلکه فقط می‌خواستم با بازیکنانی که مدت‌ها کنارشان زندگی کرده بودم، خداحافظی کرده و برای کادر جدید آرزوی موفقیت کنم ولی حتی اجازه خداحافظی با شاگردانم را هم به من ندادند. این رفتار واقعا ناراحتم کرد. البته با وجود همه اتفاقاتی که رخ داد، نتایج استقلال را دنبال می‌کنم و دلم می‌خواهد این تیم با شکست دادن پرسپولیس در نیمه نهایی جام حذفی، به فینال رسیده و در نهایت قهرمان شود.

نکته این‌که استقلال در شهریور سال ۹۹ پرسپولیس را شکست داد و به فینال جام حذفی رسید اما آن‌جا مغلوب تراکتور شد و دستش به جام نرسید. شفر هم اواخر شهریور همان سال قاطعانه علیه استقلال حکم گرفت و تمام مطالبات خود را علاوه بر غرامتش بدون این‌که حتی یک یورو تخفیف بدهد، دریافت کرد.